Estudos científicos comprovam que o flúor provoca a calcificação da glândula. Quando há excesso da substância química no corpo, ela se aloja no órgão e o calcifica. A ingestão de flúor na água de beber está associada à neurotoxicidade do desenvolvimento em crianças e adultos e manifestações psiquiátricas, incluindo letargia e memória. Geralmente a calcificação da pineal é apenas um achado nos exames de imagem. Não necessariamente está relacionado a transtornos do sono ou outros sintomas. Os efeitos adversos mais conhecidos da ingestão excessiva de flúor são a fluorose dentária e esquelética, estando também associados outros efeitos como défices cognitivos, citotoxicidade, hipotiroidismo, dislipidemias, alterações enzimáticas e eletrolíticas e cancro.